中药材是特殊的农作物，在栽培中若使用化肥不当，易出现烧芽、烧苗现象，造成不必要的经济损失。因此，不宜将三类化肥作为中药材在拌种时的"种肥"。
一、含有毒害作用的肥料尿素在农作物生产过程中，常生成少量的缩二脲。该物质的含量超过2％， 对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也会透入药材种子的蛋白质分子结构中，使蛋白质变形，影响种子的发芽。
二、 含有害离子的肥料（1）氯化钾、氯化铵。此类化肥含有氯离子，施入后会产生水溶性的氯化物， 对种子发芽和幼苗的生长不利。（2）硝酸铵、硝酸钾。含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大。
三、含有腐蚀作用的肥料如碳酸氢铵和过磷酸钙。若用此类化肥作中药材栽培时的种肥，对种子的发芽和幼苗都会产生严重危害。如因土质差，一定要用此类肥料，可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子，也可将过磷酸钙与土杂肥混合均匀后施用。
