（一）采收黄芪长到第3年便可以收获。收获过早，黄芪质量差；年久不收，极易黑心或木质化。采收一般在秋季植株枯萎时进行，也可在翌年春季尚未萌发前进行，因此时根生长充足，积累的有效成分含量高，黄芪产量高。采收时要深挖，不要伤根，防止挖断主根，影响药材产量与质量。南方多雨地区，为减少烂根损失，最好当年收获。 
　　（二）留种选3年生以上（含3年）生长健壮、无病虫害地块作黄芪种子田。对种子田管理，在一般大田管理的基础上（切勿打掉花芽），于7月中旬增施一次磷肥、钾肥，每亩施过磷酸钙25千克，氯化钾10千克，促使花盛果多，籽粒饱满。结果种熟期间，如遇高温干旱，应及时灌水，降低种子硬实率，提高种子质量。黄芪种子的采收宜在8月果荚下垂黄熟，种子变褐色时立即进行，否则果荚开裂，种子散失，难以采收。因种子成熟期不一致，应随熟随采。若小面积留种，最好分期分批采收，并将成熟果穗逐个剪下，舍弃果穗先端未成熟的果实，留用中下部成熟的果荚。若大面积留种，可待田里70~80%果实成熟时一次采收。收后先将果枝倒挂阴干几天，使种子后熟，再晒干，脱粒、扬净、贮藏。