有性繁殖又叫天麻种子繁殖，是将箭麻开花人工授粉后所结的种子与共生萌发菌拌匀，和培养好的蜜环菌材一起伴播。萌发菌促进种子发芽形成原球茎，原球茎接蜜环菌后经5-6个月形成米、白麻，或经16-18个月后形成米、白麻及箭麻。
天麻有性繁殖技术，解决了长期以来无性繁殖栽培产量低而不稳，天麻品质差的矛盾。利用有性繁殖获得的种麻栽培，不仅其抗逆性增强，且显著提高了种麻的繁殖系数，比无性麻种增产1-3倍以上，3-5代内科学种植，可保障高产优质、在天麻生产上具有重要的意义。
此项技术既可于播种当年的10-11月采收米白麻以供扩大栽培，也可第二年的10-11月采收米白麻及商品箭麻。具体选择，根据需要。
一、播种前的准备
1、播种期的选择
天麻种子在15-28℃之间都可发芽，播种期越早，萌发后的原球茎生长时间越长，长的就越大，接蜜环菌的机率和天麻的产量也就越高。5月中下旬播种，精心管理，11月份收获时即有大量白麻达到移栽标准。
天麻种子从4月到7月（高山）都可播种，播种期主要决定于种子的采收期，采用温室育种的，可提早收获提早播种。天麻果穗上中下部的蒴果分批采收，所以播种也应分批进行，做到随成熟随采随播，短期播不完的，应在冰箱低温（3-5℃）下贮存，保障种子有很高的发芽率。
自然条件下，因不同地区海拔高度不同，种子成熟期和播种期是不同的（温度不同），一般500米以下的低海拔可在4月底-5月下旬播种；500-1000米的地区可在5月下旬-6月下旬播种；1000米以上的地区，一般在6月中旬一7月中旬播种。
2、播种场地
场地的选择与无性繁殖栽培天麻的场地条件基本相同，室外一般选半阴半阳，坡度较小，沙壤土层深厚，PH值在5.5-6左右的林地与荒地、忌用熟地。室内可用清洁的细河沙，人为创造适宜的环境条件，充分满足其对温、湿等条件的要求。干旱的环境既不利种子萌发，幼嫩的原球茎也会脱水死亡；所以首先要考虑水源条件。此外，播种需要足够的蜜环菌材，碎树枝与树叶，所以选场时还应考虑这些材料的供应。
播种前铲除场地上的杂草、石块，坡陡的地方应先作成小梯田，菌材伴播的，则边挖穴边伴播，如用预先培养好的菌床伴播，也应开挖菌床与伴播同时进行。穴的大小与深浅与无性繁殖基本相同。
3、树叶与碎树枝
适量的落叶阔叶树树叶（最好是壳斗科）与新鲜碎树枝（拇指粗）是蜜环菌喜欢浸染的培养物，可显著提高原球茎的接菌率，有助于提高单位产量。
使用的树叶越纯越好，要剔除里面混杂染有其它杂菌的树叶、小树棍，使用前用清水浸泡12-24小时，吸足水后使用；播种时，将拇指粗的青冈或桦树，或野樱桃的枝条切成6-10cm的小段，撒入播种床，枝条力求新鲜，避免过干感染杂菌。
4、菌材与菌床的准备
预先培养的菌材、菌床都可用来拌播天麻种子。不过应选择培养时间短，菌索幼嫩，生长旺盛，菌索已侵入木段皮层内，尤其是无杂菌感染的菌材使用，才能有好的效果。
菌材与菌床的培育时间，以年前的10月与年后的3月均可。培菌时，如果播种当年采收的，选用6-8cm粗的软杂木段，如桦木、野樱桃等培菌均可。播种后第二年秋采收的，应选10cm粗的硬杂木段（青冈）培菌，以保障后期的营养供给。长度为50cm或60cm为宜。
菌床的培育是在选好的场地上进行，原地伴播；使用菌材播种则是一地培菌，异地播种，较为灵活，具体操作方法与管理，见《天麻栽培技术操作规程》，需强调的是，有性繁殖培菌多在低温季节，所以应采取覆盖地膜等增温措施；促使蜜环菌生长。
虽然一个天麻蒴果中有2-3万粒种子，但自然条件下，萌发率极低；既使借助萌发菌，其萌发率也只有40-60%，所以，利用天麻种子数量多的优势，酌情加大种子播种量，保障发芽后的原球茎有较多的数量，增加与蜜环菌接触（接菌）的机率，是目前生产上行之有效的措施之一。
生产上每穴（10根菌材）播种量应根据具体情况来定，①播种当年采收的，每穴播种量20个左右为佳；播种后一年半采收的，则每穴10-15个蒴果即可。②种子采收后时间较长，蒴果较小，或其它条件不够完美时，都应酌情增加播种量。
5、播种穴深度与播种层数
播种穴深度以20-30cm为宜，播种2层，顶覆土10cm左右，当然，气候条件不同，播种深度不同。
海拔800米以下，播种2层，覆土10cm厚，冬季可自然越冬，海拔800米以上，气温较低，则播种深度以15-20cm为宜，播种一层（或一层菌材2层种），覆土7-10m，充分利用阳光提高地温，冬季后再加盖覆土或覆膜越冬。
播种较早，地温较低时，或者播后的晚秋初冬季节，覆盖地膜增温，可延长生长时间，有效提高单产，冬季覆膜还可防冻。
二、播种方法
1、萌发菌拌种
播种前将已培养成熟的萌发菌在干净的洗衣盆内撕成片状（指树叶菌种）、条状（木屑菌种）或枣核状（木屑菌种）。每穴用萌发菌种2袋。种子首先抖在洁净干燥的罐头瓶中，瓶口蒙一张较光滑的纸，上面用针密密地刺一些小眼，再将刺有眼的纸翻过来蒙住瓶口，用橡皮筋套牢，最后将种子均匀地筛撒在萌发菌上，撒后拌匀再撒，种子应多次筛撒，避免集中粘在一起，影响发芽与接菌。撒种与拌种应2人分工合作，避免湿手粘去大量种子。拌种工作应在室内或背风处进行，防止风吹走轻小的种子。拌种24小时后，待菌丝恢复再播种，效果更好，但不应延长，还应严防堆积高温烧菌。
2、播种
（1）蜜环菌菌床（菌材）播种法
利用预先培养好的蜜环菌床伴播，播种时只需挖开菌床，取出蜜环菌材，用耙子耙平畦沟，即可进行播种操作，利用菌材伴播的，是将一地培养好的菌材，择优运至另地伴播，需在选好的场地上另挖畦沟，长不限，宽60-70cm，深20-30cm。其它操作相同。
先在畦沟底部平铺一层浸泡过的湿润树叶（手捏出水），压实约一掌厚，（有白蚁活动的，需在树叶层下撒施防白蚁药），然后将拌种萌发菌分为2份（每穴即2袋种），一份先均匀撒在铺好的湿树叶上，并将切碎的细树枝撒盖在拌种菌叶上（每穴10根菌材约用2-3斤），空隙处稍撒混合土（锯末沙等）或细河土填盖，隐约可见为宜（不可过厚），然后将菌材上菌索多的一面朝下，盖压在碎枝条层上，菌材间距2-3cm空隙处仍用拌有谷壳或木屑的沙壤混合土（混合土含水量60%）填盖至菌材平；菌材上面再撒湿树叶后如前法播种第二层，最后覆土10cm厚，表面盖一层树叶保湿。
菌材或菌床播种法是应用最广泛的一种播种法，此法可有效降低空穴率，产量较稳定，不过要多花一些工预先培养菌材。
（2）“一步法”播种
所谓“一步法”，是指不需预先培育菌材，直接利用拌种萌发菌、纯蜜环菌枝条种与鲜木段一起伴播的方法。此法要求蜜环菌枝条种用量不能少，否则影响接菌。由于蜜环菌纯度高、生长势强，营养充足，且节省劳力，特适宜一年半采收，是目前推广的一种育种、栽培方法。
首先在选好的场地上挖20-30cm深，60-70cm宽，长度不限的畦沟，挖松整平后，撒施防白蚁药，然后平铺一层浸泡过的湿润树叶，约掌厚，在树叶上均匀撒放拌种萌发菌，用量同前。再将购回已成熟的纯蜜环菌枝条种掰成一根根菌枝，均匀撒盖在拌种菌叶上，每穴（10根菌材）用量2-3袋（约60根菌枝/袋），并间撒一些新鲜碎树枝，间隙处仍用拌有谷壳或木屑的混合沙土填充，然后将砍有鱼鳞口的新鲜木段，口朝下盖压菌枝层上，间距3-5cm,再盖土至木段平，在木段上撒湿树叶如前法播第二层，最后覆土10cm厚，表层盖一层树叶保湿即可，覆土与填充土的湿度不得低于60%，否则边播边喷水增湿。
三、田间管理
1、温度
播种前期如果温度偏低，可适当覆膜增温，促进早萌发、早接菌。低海拨地区，夏季要搭棚遮荫，严防高温烂麻。后期温度下降，仍可适度覆膜增温，延长生长时间，防止低温冻伤。总之，尽可能调控温度15-28℃之间。
2、水分
有性繁殖对水分的要求尤为突出，播种时如果湿度不够，要喷水增湿，土壤湿度不能低于60%，播种前期（2-3个月内），要始终保障适宜的含水量，干旱时要喷水抗旱，清除畦床上的杂草，但雨季也应注意开沟排渍，严防积水湿度过大；后期维持土壤含水量在35-40%，如逢阴雨，可用覆膜调控。一年半采挖的，来年4-6月，适度增加湿度至55-60%，促进蜜环菌生长，促使天麻二次接菌，后期继续控水35-40%。
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