当前，农民种植中药材日益增多。正确选用农药防治病虫害是提高药材质量的关键措施。按国家规定，以下农药禁止在中药材上使用：
剧毒农药通常品种是3911、甲基1605、1059、久效磷、甲胺磷、呋喃丹、氰化钠、氰化钾等。它们用于中药材时，容易被吸收并渗透于根茎、叶片及果皮等植物组织内，即使风吹雨淋也不易散落消失。往往中药材收获期临近，有部分农药成分还未降解，加工使用后就极易发生急性中毒，再加上施用这类农药时稍不注意也容易发生人畜中毒事故。因此，禁止在中药材生产上使用。
高残留农药如666、滴滴涕、氯丹等。虽然它们对人畜的急性毒性并不大，但残留期长，积累性强，在中药材内更不易分解，进入人体后会长期积蓄造成慢性中毒，因此也禁止施用在中药材。
有机汞农药如赛力散、西力生、富民隆等，这类农药杀菌力强，防治中药材病害效果很好，但是它会被分解为无机汞，可以残留很多年而不消失，人体吸收后，对神经系统和心脏的损害非常大，因此，国家早已禁止生产和使用。
杀虫脒试验研究证明，极小的杀虫脒剂量就能诱发小白鼠的多种癌症。故国家已规定不准在中药材、果树及蔬菜、茶叶上使用杀虫脒。
