品种审定与选择：《种子法》要求部分中草药种子需经过审定，但一些种植者可能因信息不足或为降低成本，使用未经审定的种子，面临行政处罚风险，还可能因种子质量不佳导致产量和品质受损。

种苗生产经营许可：从事中草药种苗生产经营通常需办理许可证，无许可证进行生产经营属违法行为，会被责令停止并处罚。

品种保护：对珍稀濒危药材品种及受保护的中草药品种，若非法采集、买卖、收购、加工或破坏其生长环境，会触犯《野生植物保护条例》等相关法律法规。

土地规划与用途管制：土地有明确规划和用途限制，若在禁止种植区域如基本农田保护区、生态保护红线范围内种植中草药，违反土地管理法规，面临责令改正、恢复原状甚至罚款等处罚。

土地流转纠纷：土地流转过程中，若流转合同条款不清晰，易引发租金支付、土地使用范围、期限等方面纠纷。如承租方未按约定用途种植中草药，或出租方提前收回土地等。此外，流转程序不规范，未签订书面合同或未办理相关备案登记手续，出现纠纷时难以有效维护权益。

禁用与限用规定：《农药管理条例》等规定明确了禁用和限用农药名单，种植者违规使用剧毒、高毒、高残留农药，不仅影响药材质量安全，还面临严厉处罚，如罚款、没收违法所得，情节严重吊销相关许可证。

残留超标：过量使用农药化肥导致中药材农药残留和重金属超标，违反《中医药法》《药品管理法》等关于中药材质量安全规定，产品无法进入市场流通，给种植者带来经济损失，还可能承担民事赔偿责任，若造成严重后果，甚至追究刑事责任。

生态破坏风险：在林地、草地等生态敏感区域种植中草药，若未采取合理保护措施，造成植被破坏、水土流失、生物多样性受损等生态问题，违反《森林法》《草原法》《环境保护法》等，需承担生态修复责任和相应法律责任。

污染排放问题：种植过程中产生的废水、废渣等废弃物未妥善处理，随意排放导致土壤、水源污染，违反环保法律法规，面临环保部门处罚，包括罚款、责令停产整治等。

质量标准与认证：《中药材生产质量管理规范》对中药材种植各环节质量控制提出要求，但部分种植者因缺乏技术和管理能力，难以达到标准，产品无法通过质量认证，影响市场销售。

市场准入门槛：中药材进入市场有严格准入条件，如部分中药材需提供产地证明、检验报告等，种植者无法提供或提供不规范、不真实，产品无法进入正规市场渠道。

税收政策适用：虽国家有针对中草药种植税收优惠政策，但部分种植者对政策了解不全面、不准确，未能正确适用优惠政策，或因财务和会计制度不健全，无法提供有效税务资料，导致无法享受优惠。

骗取税收优惠风险：个别种植者通过虚构种植业务、虚报种植面积等手段骗取税收优惠，属违法行为，一旦被税务机关查处，需补缴税款、缴纳滞纳金和罚款，情节严重追究刑事责任。

合同风险：中草药种植涉及与上下游企业、合作方签订合同，如种子种苗供应合同、土地租赁合同、产品收购合同等。若合同条款不严谨、权利义务不明确，易引发纠纷。

知识产权保护：种植者培育出具有独特性状和优良品质的中草药品种，若未及时进行品种权申请或知识产权保护，可能被他人非法使用或盗用，自身权益难以保障。